R/meltingBatch.R
meltingBatch.RdCompute the enthalpy and entropy of helix-coil transition, and then the melting temperature of multiple nucleic acid duplexes in batch.
meltingBatch(
sequence,
comp.sequence = NULL,
environment.out = TRUE,
options.out = TRUE,
message.out = TRUE,
...
)A character vector of 5' to 3' sequences of one strand of the nucleic acid duplex (Note: Uridine and thymidine are not considered as identical).
A character vector of 3' to 5' complementary sequences of the nucleic acid duplex. Complementary sequences are computed by default, but need to be specified in case of mismatches, inosine(s) or hydroxyadenine(s) between the two strands.
logical. If TRUE, gives the melting temperature
computation environment details in the output. Default is TRUE.
logical. If TRUE, gives the details about the
options (default or user specified) used for melting temperature
computation in the output. Default is TRUE.
logical. If TRUE, gives the error and/or warning
messages, if any in the output. Default is TRUE.
Arguments for melting temperature computation (See
melting).
A data frame of the melting temperature computation results along
with the details of environment, options and messages if specified by the
arguments environment.out, options.out and message.out
respectively.
sequence <- c("CAAAAAG", "CAAAAAAG", "TTTTATAATAAA", "CCATCGCTACC",
"CAAACAAAG", "CCATTGCTACC", "CAAAAAAAG", "GTGAAC", "AAAAAAAA",
"CAACTTGATATTATTA", "CAAATAAAG", "GCGAGC", "GGGACC",
"CAAAGAAAG", "CTGACAAGTGTC", "GCGAAAAGCG")
meltingBatch(sequence, nucleic.acid.conc = 0.0004,
hybridisation.type = "dnadna", Na.conc = 1)
#> Environment.Sequence Environment.Complementary sequence
#> [1,] "CAAAAAG" "GTTTTTC"
#> [2,] "CAAAAAAG" "GTTTTTTC"
#> [3,] "TTTTATAATAAA" "AAAATATTATTT"
#> [4,] "CCATCGCTACC" "GGTAGCGATGG"
#> [5,] "CAAACAAAG" "GTTTGTTTC"
#> [6,] "CCATTGCTACC" "GGTAACGATGG"
#> [7,] "CAAAAAAAG" "GTTTTTTTC"
#> [8,] "GTGAAC" "CACTTG"
#> [9,] "AAAAAAAA" "TTTTTTTT"
#> [10,] "CAACTTGATATTATTA" "GTTGAACTATAATAAT"
#> [11,] "CAAATAAAG" "GTTTATTTC"
#> [12,] "GCGAGC" "CGCTCG"
#> [13,] "GGGACC" "CCCTGG"
#> [14,] "CAAAGAAAG" "GTTTCTTTC"
#> [15,] "CTGACAAGTGTC" "GACTGTTCACAG"
#> [16,] "GCGAAAAGCG" "CGCTTTTCGC"
#> Environment.Nucleic acid concentration (M) Environment.Hybridization type
#> [1,] "4e-04" "dnadna"
#> [2,] "4e-04" "dnadna"
#> [3,] "4e-04" "dnadna"
#> [4,] "4e-04" "dnadna"
#> [5,] "4e-04" "dnadna"
#> [6,] "4e-04" "dnadna"
#> [7,] "4e-04" "dnadna"
#> [8,] "4e-04" "dnadna"
#> [9,] "4e-04" "dnadna"
#> [10,] "4e-04" "dnadna"
#> [11,] "4e-04" "dnadna"
#> [12,] "4e-04" "dnadna"
#> [13,] "4e-04" "dnadna"
#> [14,] "4e-04" "dnadna"
#> [15,] "4e-04" "dnadna"
#> [16,] "4e-04" "dnadna"
#> Environment.Na concentration (M) Environment.Mg concentration (M)
#> [1,] "1" "0"
#> [2,] "1" "0"
#> [3,] "1" "0"
#> [4,] "1" "0"
#> [5,] "1" "0"
#> [6,] "1" "0"
#> [7,] "1" "0"
#> [8,] "1" "0"
#> [9,] "1" "0"
#> [10,] "1" "0"
#> [11,] "1" "0"
#> [12,] "1" "0"
#> [13,] "1" "0"
#> [14,] "1" "0"
#> [15,] "1" "0"
#> [16,] "1" "0"
#> Environment.Tris concentration (M) Environment.K concentration (M)
#> [1,] "0" "0"
#> [2,] "0" "0"
#> [3,] "0" "0"
#> [4,] "0" "0"
#> [5,] "0" "0"
#> [6,] "0" "0"
#> [7,] "0" "0"
#> [8,] "0" "0"
#> [9,] "0" "0"
#> [10,] "0" "0"
#> [11,] "0" "0"
#> [12,] "0" "0"
#> [13,] "0" "0"
#> [14,] "0" "0"
#> [15,] "0" "0"
#> [16,] "0" "0"
#> Environment.dNTP concentration (M) Environment.DMSO concentration (%)
#> [1,] "0" "0"
#> [2,] "0" "0"
#> [3,] "0" "0"
#> [4,] "0" "0"
#> [5,] "0" "0"
#> [6,] "0" "0"
#> [7,] "0" "0"
#> [8,] "0" "0"
#> [9,] "0" "0"
#> [10,] "0" "0"
#> [11,] "0" "0"
#> [12,] "0" "0"
#> [13,] "0" "0"
#> [14,] "0" "0"
#> [15,] "0" "0"
#> [16,] "0" "0"
#> Environment.Formamide concentration (M or %)
#> [1,] "0"
#> [2,] "0"
#> [3,] "0"
#> [4,] "0"
#> [5,] "0"
#> [6,] "0"
#> [7,] "0"
#> [8,] "0"
#> [9,] "0"
#> [10,] "0"
#> [11,] "0"
#> [12,] "0"
#> [13,] "0"
#> [14,] "0"
#> [15,] "0"
#> [16,] "0"
#> Environment.Self complementarity Environment.Correction factor
#> [1,] "FALSE" "4"
#> [2,] "FALSE" "4"
#> [3,] "FALSE" "4"
#> [4,] "FALSE" "4"
#> [5,] "FALSE" "4"
#> [6,] "FALSE" "4"
#> [7,] "FALSE" "4"
#> [8,] "FALSE" "4"
#> [9,] "FALSE" "4"
#> [10,] "FALSE" "4"
#> [11,] "FALSE" "4"
#> [12,] "FALSE" "4"
#> [13,] "FALSE" "4"
#> [14,] "FALSE" "4"
#> [15,] "FALSE" "4"
#> [16,] "FALSE" "4"
#> Options.Approximative formula Options.Nearest neighbour model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> Options.GU model Options.Single mismatch model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> Options.Tandem mismatch model Options.Single dangling end model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> Options.Double dangling end model Options.Long dangling end model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> Options.Internal loop model Options.Single bulge loop model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> Options.Long bulge loop model Options.CNG repeats model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> Options.Inosine bases model Options.Hydroxyadenine bases model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> Options.Azobenzenes model Options.Locked nucleic acids model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> Options.Ion correction method Options.Na equivalence correction method
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> Options.DMSO correction method Options.Formamide correction method
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> Options.Mode Results.Enthalpy (cal) Results.Entropy (cal)
#> [1,] NA "-47700" "-138.1"
#> [2,] NA "-55600" "-160.3"
#> [3,] NA "-78800" "-229.7"
#> [4,] NA "-83500" "-227"
#> [5,] NA "-64600" "-183.2"
#> [6,] NA "-81100" "-222.5"
#> [7,] NA "-63500" "-182.5"
#> [8,] NA "-41200" "-117.5"
#> [9,] NA "-50700" "-147.2"
#> [10,] NA "-113800" "-323.6"
#> [11,] NA "-62100" "-179.8"
#> [12,] NA "-46000" "-124.8"
#> [13,] NA "-40400" "-109.9"
#> [14,] NA "-63700" "-181.3"
#> [15,] NA "-90400" "-249.5"
#> [16,] NA "-80300" "-218.6"
#> Results.Enthalpy (J) Results.Entropy (J) Results.Melting temperature (C)
#> [1,] "-199386" "-577.258" "31.7814953255144"
#> [2,] "-232408" "-670.054" "38.1103863719918"
#> [3,] "-329384" "-960.146" "44.5553259145469"
#> [4,] "-349030" "-948.86" "67.2098590318261"
#> [5,] "-270028" "-765.776" "47.400072116762"
#> [6,] "-338998" "-930.05" "63.6040550863501"
#> [7,] "-265430" "-762.85" "43.0400604037136"
#> [8,] "-172216" "-491.15" "30.1735038367475"
#> [9,] "-211926" "-615.296" "33.1415226764116"
#> [10,] "-475684" "-1352.648" "59.6680431282422"
#> [11,] "-259578" "-751.564" "40.2828264688437"
#> [12,] "-192280" "-521.664" "48.2393469411973"
#> [13,] "-168872" "-459.382" "41.9123740666287"
#> [14,] "-266266" "-757.834" "45.9425910944819"
#> [15,] "-377872" "-1042.91" "64.379329012421"
#> [16,] "-335654" "-913.748" "65.7707030297917"
#> Message
#> [1,] NA
#> [2,] NA
#> [3,] NA
#> [4,] NA
#> [5,] NA
#> [6,] NA
#> [7,] NA
#> [8,] NA
#> [9,] NA
#> [10,] NA
#> [11,] NA
#> [12,] NA
#> [13,] NA
#> [14,] NA
#> [15,] NA
#> [16,] NA
seq <- c("GCAUACG", "CAGUAGGUC", "CGCUCGC", "GAGUGGAG", "GACAGGCUG",
"CAGUACGUC", "GACAUCCUG", "GACCACCUG", "CAGAAUGUC", "GCGUCGC",
"CGUCCGG", "GACUCUCUG", "CAGCUGGUC", "GACUAGCUG", "CUCUGCUC",
"GCGUCCG", "GUCCGCG", "CGAUCAC", "GACUACCUG", "GACGAUCUG")
comp.seq <- c("CGUUUGC", "GUCGGCCAG", "GCGUGCG", "CUCUUCUC", "CUGUGCGAC",
"GUCGGGCAG", "CUGUUGGAC", "CUGGGGGAC", "GUCUGGCAG", "CGCUGCG",
"GCUGGCC", "CUGAUAGAC", "GUCGUUCAG", "CUGAGCGAC", "GAGUUGAG",
"CGCUGGC", "CUGGCGC", "GCUUGUG", "CUGAGGGAC", "CUGCCAGAC")
meltingBatch(sequence = seq, comp.seq = comp.seq, nucleic.acid.conc = 0.0004,
hybridisation.type = "rnarna", Na.conc = 1,
method.singleMM = "tur06")
#> Environment.Sequence Environment.Complementary sequence
#> [1,] "GCAUACG" "CGUUUGC"
#> [2,] "CAGUAGGUC" "GUCGGCCAG"
#> [3,] "CGCUCGC" "GCGUGCG"
#> [4,] "GAGUGGAG" "CUCUUCUC"
#> [5,] "GACAGGCUG" "CUGUGCGAC"
#> [6,] "CAGUACGUC" "GUCGGGCAG"
#> [7,] "GACAUCCUG" "CUGUUGGAC"
#> [8,] "GACCACCUG" "CUGGGGGAC"
#> [9,] "CAGAAUGUC" "GUCUGGCAG"
#> [10,] "GCGUCGC" "CGCUGCG"
#> [11,] "CGUCCGG" "GCUGGCC"
#> [12,] "GACUCUCUG" "CUGAUAGAC"
#> [13,] "CAGCUGGUC" "GUCGUUCAG"
#> [14,] "GACUAGCUG" "CUGAGCGAC"
#> [15,] "CUCUGCUC" "GAGUUGAG"
#> [16,] "GCGUCCG" "CGCUGGC"
#> [17,] "GUCCGCG" "CUGGCGC"
#> [18,] "CGAUCAC" "GCUUGUG"
#> [19,] "GACUACCUG" "CUGAGGGAC"
#> [20,] "GACGAUCUG" "CUGCCAGAC"
#> Environment.Nucleic acid concentration (M) Environment.Hybridization type
#> [1,] "4e-04" "rnarna"
#> [2,] "4e-04" "rnarna"
#> [3,] "4e-04" "rnarna"
#> [4,] "4e-04" "rnarna"
#> [5,] "4e-04" "rnarna"
#> [6,] "4e-04" "rnarna"
#> [7,] "4e-04" "rnarna"
#> [8,] "4e-04" "rnarna"
#> [9,] "4e-04" "rnarna"
#> [10,] "4e-04" "rnarna"
#> [11,] "4e-04" "rnarna"
#> [12,] "4e-04" "rnarna"
#> [13,] "4e-04" "rnarna"
#> [14,] "4e-04" "rnarna"
#> [15,] "4e-04" "rnarna"
#> [16,] "4e-04" "rnarna"
#> [17,] "4e-04" "rnarna"
#> [18,] "4e-04" "rnarna"
#> [19,] "4e-04" "rnarna"
#> [20,] "4e-04" "rnarna"
#> Environment.Na concentration (M) Environment.Mg concentration (M)
#> [1,] "1" "0"
#> [2,] "1" "0"
#> [3,] "1" "0"
#> [4,] "1" "0"
#> [5,] "1" "0"
#> [6,] "1" "0"
#> [7,] "1" "0"
#> [8,] "1" "0"
#> [9,] "1" "0"
#> [10,] "1" "0"
#> [11,] "1" "0"
#> [12,] "1" "0"
#> [13,] "1" "0"
#> [14,] "1" "0"
#> [15,] "1" "0"
#> [16,] "1" "0"
#> [17,] "1" "0"
#> [18,] "1" "0"
#> [19,] "1" "0"
#> [20,] "1" "0"
#> Environment.Tris concentration (M) Environment.K concentration (M)
#> [1,] "0" "0"
#> [2,] "0" "0"
#> [3,] "0" "0"
#> [4,] "0" "0"
#> [5,] "0" "0"
#> [6,] "0" "0"
#> [7,] "0" "0"
#> [8,] "0" "0"
#> [9,] "0" "0"
#> [10,] "0" "0"
#> [11,] "0" "0"
#> [12,] "0" "0"
#> [13,] "0" "0"
#> [14,] "0" "0"
#> [15,] "0" "0"
#> [16,] "0" "0"
#> [17,] "0" "0"
#> [18,] "0" "0"
#> [19,] "0" "0"
#> [20,] "0" "0"
#> Environment.dNTP concentration (M) Environment.DMSO concentration (%)
#> [1,] "0" "0"
#> [2,] "0" "0"
#> [3,] "0" "0"
#> [4,] "0" "0"
#> [5,] "0" "0"
#> [6,] "0" "0"
#> [7,] "0" "0"
#> [8,] "0" "0"
#> [9,] "0" "0"
#> [10,] "0" "0"
#> [11,] "0" "0"
#> [12,] "0" "0"
#> [13,] "0" "0"
#> [14,] "0" "0"
#> [15,] "0" "0"
#> [16,] "0" "0"
#> [17,] "0" "0"
#> [18,] "0" "0"
#> [19,] "0" "0"
#> [20,] "0" "0"
#> Environment.Formamide concentration (M or %)
#> [1,] "0"
#> [2,] "0"
#> [3,] "0"
#> [4,] "0"
#> [5,] "0"
#> [6,] "0"
#> [7,] "0"
#> [8,] "0"
#> [9,] "0"
#> [10,] "0"
#> [11,] "0"
#> [12,] "0"
#> [13,] "0"
#> [14,] "0"
#> [15,] "0"
#> [16,] "0"
#> [17,] "0"
#> [18,] "0"
#> [19,] "0"
#> [20,] "0"
#> Environment.Self complementarity Environment.Correction factor
#> [1,] "FALSE" "4"
#> [2,] "FALSE" "4"
#> [3,] "FALSE" "4"
#> [4,] "FALSE" "4"
#> [5,] "FALSE" "4"
#> [6,] "FALSE" "4"
#> [7,] "FALSE" "4"
#> [8,] "FALSE" "4"
#> [9,] "FALSE" "4"
#> [10,] "FALSE" "4"
#> [11,] "FALSE" "4"
#> [12,] "FALSE" "4"
#> [13,] "FALSE" "4"
#> [14,] "FALSE" "4"
#> [15,] "FALSE" "4"
#> [16,] "FALSE" "4"
#> [17,] "FALSE" "4"
#> [18,] "FALSE" "4"
#> [19,] "FALSE" "4"
#> [20,] "FALSE" "4"
#> Options.Approximative formula Options.Nearest neighbour model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> [17,] NA NA
#> [18,] NA NA
#> [19,] NA NA
#> [20,] NA NA
#> Options.GU model Options.Single mismatch model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> [17,] NA NA
#> [18,] NA NA
#> [19,] NA NA
#> [20,] NA NA
#> Options.Tandem mismatch model Options.Single dangling end model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> [17,] NA NA
#> [18,] NA NA
#> [19,] NA NA
#> [20,] NA NA
#> Options.Double dangling end model Options.Long dangling end model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> [17,] NA NA
#> [18,] NA NA
#> [19,] NA NA
#> [20,] NA NA
#> Options.Internal loop model Options.Single bulge loop model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> [17,] NA NA
#> [18,] NA NA
#> [19,] NA NA
#> [20,] NA NA
#> Options.Long bulge loop model Options.CNG repeats model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> [17,] NA NA
#> [18,] NA NA
#> [19,] NA NA
#> [20,] NA NA
#> Options.Inosine bases model Options.Hydroxyadenine bases model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> [17,] NA NA
#> [18,] NA NA
#> [19,] NA NA
#> [20,] NA NA
#> Options.Azobenzenes model Options.Locked nucleic acids model
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> [17,] NA NA
#> [18,] NA NA
#> [19,] NA NA
#> [20,] NA NA
#> Options.Ion correction method Options.Na equivalence correction method
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> [17,] NA NA
#> [18,] NA NA
#> [19,] NA NA
#> [20,] NA NA
#> Options.DMSO correction method Options.Formamide correction method
#> [1,] NA NA
#> [2,] NA NA
#> [3,] NA NA
#> [4,] NA NA
#> [5,] NA NA
#> [6,] NA NA
#> [7,] NA NA
#> [8,] NA NA
#> [9,] NA NA
#> [10,] NA NA
#> [11,] NA NA
#> [12,] NA NA
#> [13,] NA NA
#> [14,] NA NA
#> [15,] NA NA
#> [16,] NA NA
#> [17,] NA NA
#> [18,] NA NA
#> [19,] NA NA
#> [20,] NA NA
#> Options.Mode Results.Enthalpy (cal) Results.Entropy (cal)
#> [1,] NA "-47650" "-138.8"
#> [2,] NA "-71130" "-200.5"
#> [3,] NA "-57930" "-164.1"
#> [4,] NA "-60570" "-176.6"
#> [5,] NA "-79870" "-219.9"
#> [6,] NA "-68380" "-194.5"
#> [7,] NA "-73880" "-208.3"
#> [8,] NA "-78430" "-218.3"
#> [9,] NA "-59650" "-171.5"
#> [10,] NA "-61330" "-173.8"
#> [11,] NA "-58350" "-165.4"
#> [12,] NA "-64570" "-184.7"
#> [13,] NA "-70970" "-200.6"
#> [14,] NA "-72010" "-203"
#> [15,] NA "-58820" "-171"
#> [16,] NA "-59840" "-169.6"
#> [17,] NA "-59840" "-169.6"
#> [18,] NA "-50210" "-148.3"
#> [19,] NA "-70520" "-198.8"
#> [20,] NA "-69730" "-198.2"
#> Results.Enthalpy (J) Results.Entropy (J) Results.Melting temperature (C)
#> [1,] "-199177" "-580.184" "30.1048299398322"
#> [2,] "-297323.4" "-838.09" "51.8989532242754"
#> [3,] "-242147.4" "-685.938" "44.3989325444856"
#> [4,] "-253182.6" "-738.188" "37.5791954133529"
#> [5,] "-333856.6" "-919.182" "62.1162425798375"
#> [6,] "-285828.4" "-813.01" "48.141439592185"
#> [7,] "-308818.4" "-870.694" "52.845957204839"
#> [8,] "-327837.4" "-912.494" "58.2977096620104"
#> [9,] "-249337" "-716.87" "41.08087522322"
#> [10,] "-256359.4" "-726.484" "46.0633145887674"
#> [11,] "-243903" "-691.372" "44.4380466975271"
#> [12,] "-269902.6" "-772.046" "44.8840464672343"
#> [13,] "-296654.6" "-838.508" "51.0196486690585"
#> [14,] "-301001.8" "-848.54" "52.203376709706"
#> [15,] "-245867.6" "-714.78" "37.5268181873443"
#> [16,] "-250131.2" "-708.928" "45.2688421309843"
#> [17,] "-250131.2" "-708.928" "45.2688421309843"
#> [18,] "-209877.8" "-619.894" "28.1788644808993"
#> [19,] "-294773.6" "-830.984" "51.6345164549562"
#> [20,] "-291471.4" "-828.476" "48.8860141674642"
#> Message
#> [1,] NA
#> [2,] NA
#> [3,] NA
#> [4,] NA
#> [5,] NA
#> [6,] NA
#> [7,] NA
#> [8,] NA
#> [9,] NA
#> [10,] NA
#> [11,] NA
#> [12,] NA
#> [13,] NA
#> [14,] NA
#> [15,] NA
#> [16,] NA
#> [17,] NA
#> [18,] NA
#> [19,] NA
#> [20,] NA